แชมเปียนชิปเมเนเจอร์ 3 มีอินเทอร์เฟซผู้ใช้และระบบเมนูใหม่ โดยส่วนใหญ่จะใช้แถบเมนูแนวตั้งทางด้านซ้ายของหน้าจอ เช่นเดียวกับแถบเมนูแนวนอนแบบดั้งเดิมที่ด้านบนและด้านล่างของหน้าจอ นอกจากระบบเมนูใหม่แล้ว รูปภาพพื้นหลังที่มีความละเอียดสูงอีกมากก็ได้รับการเพิ่มเข้ามา ซึ่งส่วนใหญ่เกี่ยวข้องกับหน้าจอใดก็ตามที่ผู้เล่นกำลังดูอยู่

เกมนี้มีการเปลี่ยนแปลงเล็ก ๆ น้อย ๆ จำนวนมากในรูปแบบการเล่น รวมถึงระบบจับคู่ที่ได้รับการปรับปรุง, ตารางการฝึกที่ปรับแต่งได้, การแข่งชิงถ้วยจากทั่วโลก, ระบบแทกติกที่เจาะลึกยิ่งขึ้น, ตัวสำรองและทีมเยาวชนที่สมจริง ตลอดจนการสอดแนมผู้เล่นที่ได้รับการปรับปรุง ส่วนการเพิ่มใหม่ที่สำคัญอย่างหนึ่งคือความสามารถในการเล่นเกมแบบหลายผู้เล่นผ่านแลน (LAN) ทำให้มีผู้คนมากถึง 16 คนสามารถแข่งกันเองใน 'โลก' ของเกมเดียวกันได้ โดยสามารถใช้ตัวเลือกนี้เพื่อเล่นผ่านอินเทอร์เน็ตได้เช่นกัน ตลอดจนโหมดหลายผู้เล่นผลัดกันในอุปกรณ์เดียวกันยังได้ขยายเพื่อให้สามารถรองรับผู้เล่นได้ถึง 16 คนในเครื่องเดียวกัน

ฐานข้อมูลของนักฟุตบอลและสตาฟเพิ่มขึ้นเป็น 25,000 คนสำหรับเวอร์ชันนี้ โดยเพิ่มความลึกซึ้งและความสมจริงของเกมอีกครั้ง เนื่องจากฐานข้อมูลผู้เล่นที่เพิ่มขึ้นและการประมวลผลจำนวนมากที่เกมจำเป็นต้องทำ จึงใช้การออกแบบ 'หลายอย่างพร้อมกัน' โดยวิธีนี้ทำให้คอมพิวเตอร์สามารถประมวลผลข้อมูลในเบื้องหลังได้ ในขณะที่ยังคงให้ผู้เล่นทำสิ่งต่าง ๆ เช่น ท่องไปรอบ ๆ เกม, ค้นหาผู้เล่น, เปลี่ยนกลยุทธ์ เป็นต้น

จำนวนลีกที่สามารถเล่นได้เพิ่มขึ้นในภาคนี้จนถึงรวมระบบลีกของสิบห้าประเทศที่สามารถเลือกได้ นับเป็นครั้งแรกของลีกที่สามารถเล่นได้นอกยุโรป